Wykorzystanie wielkich małp człekokształtnych (goryle, szympansy, orangutany) będzie całkowicie zakazane. Jeśli chodzi o pozostałe małpy z rzędu naczelnych, to ich wykorzystanie będzie dopuszczalne tylko w wyjątkowo uzasadnionych sytuacjach.

Unijny komisarz ds. zdrowia John Dalli cieszył się podczas debaty z kompromisu osiągniętego między zwolennikami całkowitego zakazu wykorzystywania zwierząt w laboratoriach a orędownikami swobody badań naukowych w imię postępu medycyny. Dalli uznał, że dzięki nowej dyrektywie, uzgodnionej już wcześniej z krajami członkowskimi, UE będzie światowym liderem w ochronie zwierząt laboratoryjnych.

Zasadą ma być promowanie alternatywnych rozwiązań, czyli stosowania zamiast zwierząt "zastępczej metody satysfakcjonującej z naukowego punktu widzenia". W przypadkach, kiedy okaże się to niemożliwe, liczbę wykorzystywanych w projekcie zwierząt należy zredukować do minimum - podobnie jak zadawany im ból, stres czy trwałe uszkodzenia.

Wykorzystanie zwierząt będzie dopuszczone tylko w przypadku badań dotyczących chorób ludzi, zwierząt czy też roślin, testów nowych leków oraz badań służących ratowaniu ginących gatunków, a także na potrzeby szkolnictwa wyższego i badań kryminalistycznych. W stanie wyższej konieczności kraje członkowskie zagwarantowały sobie klauzulę odstąpienia od ograniczeń dyrektywy - musi to być jednak uzasadnione z naukowego punktu widzenia i zyskać zgodę innych krajów UE.